Run ID: ERR4821137
Sample name:
Date: 01-04-2023 17:05:02
Number of reads: 2209383
Percentage reads mapped: 97.52
Strain: lineage4.3.4.1
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 1.0 |
lineage4.3.4.1 | Euro-American (LAM) | LAM1;LAM2 | RD174 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7874 | c.573G>A | synonymous_variant | 0.1 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1304846 | p.Ala639Asp | missense_variant | 0.2 |
atpE | 1460916 | c.-129G>A | upstream_gene_variant | 0.1 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472112 | n.267C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472122 | n.277G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472123 | n.278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472124 | n.279C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
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rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
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rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1473384 | n.-274A>G | upstream_gene_variant | 0.18 |
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rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
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rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612009 | p.Ala370Thr | missense_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |