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Run: ERR4821167
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Run ID: ERR4821167

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:05:51

Number of reads: 1404480

Percentage reads mapped: 94.97

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.1
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.1
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777119 p.His454Gln missense_variant 0.11
mmpL5 777122 c.1359C>T synonymous_variant 0.11
mmpL5 777128 c.1353A>G synonymous_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472785 n.940G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472786 n.941C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472832 n.987A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473291 n.1446G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2167965 p.Ala883Gly missense_variant 0.11
PPE35 2167967 c.2646A>C synonymous_variant 0.11
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289113 c.129C>T synonymous_variant 1.0
kasA 2519140 c.1026G>C synonymous_variant 0.18
kasA 2519143 c.1029G>C synonymous_variant 0.17
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448500 c.-4A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448501 c.-3G>T upstream_gene_variant 0.75
rpoA 3878578 c.-71C>A upstream_gene_variant 0.67
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0