Run ID: ERR4821167
Sample name:
Date: 20-10-2023 09:33:51
Number of reads: 1404480
Percentage reads mapped: 94.97
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|---|---|
Rifampicin | ||
Isoniazid | ||
Ethambutol | ||
Pyrazinamide | ||
Streptomycin | ||
Fluoroquinolones | ||
Moxifloxacin | ||
Ofloxacin | ||
Levofloxacin | ||
Ciprofloxacin | ||
Aminoglycosides | ||
Amikacin | ||
Capreomycin | ||
Kanamycin | ||
Cycloserine | ||
Ethionamide | ||
Clofazimine | ||
Para-aminosalicylic_acid | ||
Delamanid | ||
Bedaquiline | ||
Linezolid |
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472767 | n.922G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
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rrl | 1476515 | n.2858C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168149 | p.Pro822Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pncA | 2289113 | c.129C>T | synonymous_variant | 1.0 |
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whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448507 | c.5_*1408del | frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant | 1.0 |