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Run: ERR4821263
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Run ID: ERR4821263

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:09:29

Number of reads: 3824771

Percentage reads mapped: 91.72

Strain: lineage4.1.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.3 Euro-American T;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781421 c.-139C>A upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304610 c.1680C>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473102 n.1257C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473360 n.1515T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.15
rrl 1473699 n.42A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473701 n.44A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473716 n.59T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473719 n.62G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473720 n.63A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473722 n.65G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473732 n.75G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473744 n.87T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473746 n.89T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473748 n.91A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473751 n.94C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473753 n.96A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473756 n.99G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473782 n.125A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473789 n.132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474794 n.1137C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476277 n.2620G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476501 n.2844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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