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Run: ERR4821318
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Run ID: ERR4821318

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Date: 01-04-2023 17:11:18

Number of reads: 3408955

Percentage reads mapped: 93.86

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 1.0
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472122 n.277G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471918 n.73A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471924 n.79C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471926 n.81C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471932 n.87A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471933 n.88G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471938 n.93T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472074 n.229G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472107 n.262A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472188 n.343A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472288 n.443A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472289 n.444T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472290 n.445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472312 n.467_468insC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472325 n.480G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472326 n.481T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472329 n.484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472487 n.643dupT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472522 n.677T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472571 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472582 n.737G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472585 n.740A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472674 n.829T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472675 n.830T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472685 n.840G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472701 n.856T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472767 n.922G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472957 n.1112C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472969 n.1125delC non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472989 n.1144G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473029 n.1184C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473049 n.1204T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473226 n.1381C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473284 n.1439A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473285 n.1440A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474153 n.496C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474166 n.509G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474167 n.510T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474218 n.561T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474265 n.608G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474286 n.631_635delCCTTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474297 n.641_647delTCCGGAG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474306 n.649A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474309 n.653delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474535 n.878A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474800 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474801 n.1144G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474802 n.1145T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474853 n.1196A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475510 n.1853A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475516 n.1859T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475517 n.1860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475532 n.1875A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475555 n.1898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475573 n.1916G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475575 n.1918C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475743 n.2086T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475763 n.2107_2109delAAG non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475880 n.2223C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475881 n.2224T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475882 n.2225C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475991 n.2334T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476032 n.2375C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476046 n.2389G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476047 n.2390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476058 n.2401T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476187 n.2530T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476256 n.2599A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476272 n.2615A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476363 n.2706A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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