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Run: ERR4821371
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Run ID: ERR4821371

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:12:56

Number of reads: 1445965

Percentage reads mapped: 96.27

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303747 p.Thr273Ala missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473281 n.1436_1437insT non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473291 n.1449_1451delAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476295 n.2638C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
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rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476592 n.2935G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476605 n.2948C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086728 c.-92C>G upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246151 c.-363A>G upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0