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Run: ERR4821584
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Run ID: ERR4821584

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:20:13

Number of reads: 979605

Percentage reads mapped: 96.5

Strain: lineage4.8.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 0.99
lineage4.8.2 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 8135 c.834C>T synonymous_variant 1.0
mshA 576685 c.1338C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 763872 p.Gly168Asp missense_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776891 p.Gln530His missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2167965 p.Ala883Gly missense_variant 0.11
PPE35 2167967 c.2646A>C synonymous_variant 0.1
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170385 c.228G>T synonymous_variant 0.12
PPE35 2170392 p.Gly74Ala missense_variant 0.12
PPE35 2170400 c.213G>C synonymous_variant 0.12
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2519057 p.Thr315Ser missense_variant 0.12
thyA 3074645 c.-174T>G upstream_gene_variant 0.24
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039729 p.Asp326Asn missense_variant 1.0
embC 4240258 c.396T>C synonymous_variant 0.11
embC 4241543 p.Ala561Pro missense_variant 0.14
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4268693 c.144C>T synonymous_variant 0.18
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0