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Run: ERR4821586
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Run ID: ERR4821586

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:20:22

Number of reads: 1507352

Percentage reads mapped: 99.15

Strain: lineage4.3.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.1 Euro-American (LAM) LAM9 None 1.0
lineage4.3.1.1 Euro-American (LAM) LAM9 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.17
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 0.98
rrs 1471660 n.-186G>A upstream_gene_variant 0.98
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472694 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473122 n.1277T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473126 n.1282delG non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103225 c.-183A>C upstream_gene_variant 0.25
PPE35 2169902 p.Leu237Phe missense_variant 0.12
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.15
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.18
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyX 3067966 c.-21G>A upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 0.98