TB-Profiler result

Run: ERR4821718
Summary

Run ID: ERR4821718

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:24:54

Number of reads: 3168213

Percentage reads mapped: 95.23

Strain: lineage4.2.2.2

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8688 p.Ala463Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576077 c.730C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761489 c.1683G>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1473676 n.19G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473697 n.40C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1473698 n.41G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1473699 n.42A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1473700 n.43G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473718 n.61G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473719 n.62G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1473728 n.71A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473743 n.86C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473750 n.93C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473751 n.94C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473752 n.95G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474143 n.486T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474201 n.544T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1475514 n.1857G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475522 n.1865A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475542 n.1885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475574 n.1917C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475757 n.2100_2101insG non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475769 n.2112_2113insC non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475877 n.2220C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475878 n.2221T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475879 n.2222T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476188 n.2531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476234 n.2577G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476255 n.2598A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476523 n.2867delC non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476535 n.2878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168600 c.2013G>A synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3066280 c.-89C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0