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Run: ERR4821725
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Run ID: ERR4821725

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:25:10

Number of reads: 1803899

Percentage reads mapped: 98.29

Strain: lineage4.8.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
lineage4.8.2 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472307 n.462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 8135 c.834C>T synonymous_variant 1.0
mshA 576750 p.Lys468Thr missense_variant 0.17
ccsA 620039 p.Pro50Leu missense_variant 0.12
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.19
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776891 p.Gln530His missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1407125 c.216C>T synonymous_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472027 n.183_189delACGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472037 n.192_193insCTTTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472057 n.212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472296 n.454_458delTCCGG non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472303 n.458G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475762 n.2105G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475877 n.2220C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475878 n.2221T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475879 n.2222T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726341 p.Val50Gly missense_variant 0.15
clpC1 4039729 p.Asp326Asn missense_variant 0.94
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0