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Run: ERR4821906
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Run ID: ERR4821906

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:31:24

Number of reads: 2001262

Percentage reads mapped: 98.82

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766070 c.2701C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472683 n.838T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3641447 p.Thr302Met missense_variant 1.0
rpoA 3877553 p.Glu319Lys missense_variant 1.0
embC 4240897 c.1035C>G synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 0.98
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0