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Run: ERR4821958
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Run ID: ERR4821958

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:33:24

Number of reads: 4241042

Percentage reads mapped: 93.82

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 7058 p.Ile607Val missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303095 c.165G>A synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475760 n.2103C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475762 n.2105G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475995 n.2338G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475998 n.2341C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476000 n.2343G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rpsA 1834836 p.Met432Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2156196 c.-85C>T upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518919 p.Gly269Ser missense_variant 1.0
folC 2746340 p.Ala420Val missense_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3642743 c.1209T>C synonymous_variant 0.3
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4038968 c.1737G>A synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4268566 p.Ser91Ala missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0