Run ID: ERR4829623
Sample name:
Date: 01-04-2023 19:35:24
Number of reads: 3803048
Percentage reads mapped: 93.12
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.17 |
mshA | 576113 | p.Arg256Gly | missense_variant | 0.25 |
rpoC | 764807 | p.Arg480Cys | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472148 | n.303T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472177 | n.332C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472210 | n.365A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472214 | n.369C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472581 | n.736A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472969 | n.1124A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1472978 | n.1133T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
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rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
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rrl | 1474097 | n.440C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1474359 | n.702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
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rrl | 1474690 | n.1033C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474709 | n.1053_1056delTGGT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474717 | n.1060_1061insGCCAG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474752 | n.1096delA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1474777 | n.1120T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474779 | n.1122G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2170065 | p.Ala183Gly | missense_variant | 0.24 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pepQ | 2860159 | p.Ala87Gly | missense_variant | 0.25 |
thyA | 3074231 | p.Asp81Asn | missense_variant | 1.0 |
fbiD | 3339734 | p.Ala206Gly | missense_variant | 0.43 |
Rv3083 | 3448497 | c.-7T>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
alr | 3840764 | c.657G>C | synonymous_variant | 1.0 |
embC | 4242497 | p.Arg879Gly | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embB | 4246584 | p.Arg24Pro | missense_variant | 0.1 |
embB | 4248324 | p.Ala604Gly | missense_variant | 0.22 |
whiB6 | 4338466 | c.54_55delCG | frameshift_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448507 | c.5_*1408del | frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant | 1.0 |