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Run: ERR495008
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Run ID: ERR495008

Sample name:

Date: 01-04-2023 21:34:41

Number of reads: 3332432

Percentage reads mapped: 94.27

Strain: lineage4.4.1.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
lineage4.4.1.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473862 n.205C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475076 n.1419C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475078 n.1421T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475081 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475092 n.1435A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475094 n.1437C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475113 n.1456C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475115 n.1458A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
inhA 1674952 p.Pro251Ala missense_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 0.99
ndh 2102990 p.Val18Ala missense_variant 1.0
PPE35 2169840 p.Gly258Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073806 c.666C>G synonymous_variant 0.29
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448608 c.105G>A synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612665 p.Val151Ala missense_variant 1.0
embC 4242425 p.Arg855Gly missense_variant 0.26
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ethA 4327212 p.Thr88Ala missense_variant 0.13
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0