Run ID: ERR5979808
Sample name:
Date: 02-04-2023 01:24:15
Number of reads: 3331855
Percentage reads mapped: 97.77
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.16 |
mshA | 576482 | p.Val379Leu | missense_variant | 0.15 |
mmpR5 | 779181 | c.198delG | frameshift_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472936 | n.1091C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472958 | n.1113A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472959 | n.1114T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472963 | n.1118G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472982 | n.1137G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472987 | n.1142G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472988 | n.1143T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473002 | n.1157G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473004 | n.1159T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473008 | n.1163C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473009 | n.1164T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473044 | n.1199C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473051 | n.1206T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473053 | n.1208T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475541 | n.1884G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476425 | n.2768G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476455 | n.2798C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476456 | n.2799A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
fbiD | 3339734 | p.Ala206Gly | missense_variant | 0.13 |
rpoA | 3878637 | c.-130G>C | upstream_gene_variant | 0.19 |
embB | 4246584 | p.Arg24Pro | missense_variant | 0.35 |