Run ID: SRR11342679
Sample name:
Date: 02-04-2023 20:48:06
Number of reads: 4327707
Percentage reads mapped: 99.39
Strain: lineage4.6.3
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.6 | Euro-American | T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.6.3 | Euro-American | T;LAM | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8049 | p.Ser250Ala | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.25 |
ccsA | 620072 | p.Pro61Leu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 0.99 |
mmpL5 | 776987 | c.1493delC | frameshift_variant | 1.0 |
mmpL5 | 778053 | p.Asp143Gly | missense_variant | 1.0 |
mmpS5 | 778673 | p.Pro78Leu | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472258 | n.413A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472668 | n.825_829delGGGTT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472675 | n.830_831insAGAC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472680 | n.835C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472682 | n.837T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472683 | n.838T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472687 | n.842A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472689 | n.844C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472690 | n.845C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472813 | n.968A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474323 | n.666C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474634 | n.977T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474636 | n.979A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474637 | n.980C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474638 | n.981C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474640 | n.983C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474677 | n.1020A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1474689 | n.1032T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474709 | n.1052G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474734 | n.1077G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1474749 | n.1092C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474753 | n.1097delC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474779 | n.1122G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474780 | n.1123C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474782 | n.1125G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1474794 | n.1137C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1474802 | n.1145T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1475524 | n.1868delG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476215 | n.2558C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476425 | n.2768G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1476514 | n.2857C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476519 | n.2862C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476524 | n.2867C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476537 | n.2880A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476538 | n.2881A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476540 | n.2883C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476547 | n.2890C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476567 | n.2910C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476572 | n.2915G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476573 | n.2916A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476577 | n.2920T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242185 | p.Asp775Asn | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embB | 4247028 | p.Leu172Arg | missense_variant | 0.27 |
aftB | 4268573 | p.Met88Ile | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |