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Run: SRR13180203
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Run ID: SRR13180203

Sample name:

Date: 03-04-2023 08:13:39

Number of reads: 743358

Percentage reads mapped: 94.76

Strain: lineage4.2.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 1.0
lineage4.2.2.1 Euro-American LAM7-TUR None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576077 c.730C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472414 n.569C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472449 n.604C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472456 n.611T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472463 n.618G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472467 n.622G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472599 n.754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473696 n.39T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473698 n.41G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473699 n.42A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473717 n.60G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473756 n.99G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473757 n.100T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473814 n.157A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473815 n.158T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473830 n.173T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473832 n.175C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473833 n.176_177insT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473844 n.187C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473870 n.213G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473871 n.214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473887 n.230T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473888 n.231T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473899 n.242A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473916 n.259C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474414 n.757C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474447 n.790G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474450 n.793T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476032 n.2375C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476034 n.2377C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476047 n.2390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476300 n.2643G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170756 c.-144G>T upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064779 c.1413C>T synonymous_variant 1.0
Rv2752c 3066280 c.-89C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0