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Run: SRR5818663
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Run ID: SRR5818663

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:41:37

Number of reads: 2077466

Percentage reads mapped: 90.84

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.21
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 0.99
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472057 n.212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475369 n.1712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476188 n.2531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168473 p.Phe714Ile missense_variant 0.1
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
ethA 4328094 c.-621C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338694 c.-173A>G upstream_gene_variant 1.0
gid 4407993 p.Ser70Arg missense_variant 1.0