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Run: SRR5818667

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Run ID: SRR5818667

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:41:49

Number of reads: 2504052

Percentage reads mapped: 92.85

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 762053 c.2247T>C synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102990 p.Val18Ala missense_variant 1.0
PPE35 2169840 p.Gly258Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2223174 c.-10C>T upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448608 c.105G>A synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612665 p.Val151Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.36
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0