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Run: SRR6044857
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Run ID: SRR6044857

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:48:42

Number of reads: 1964580

Percentage reads mapped: 91.56

Strain: lineage4.8.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
lineage4.8.1 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474797 n.1140G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474799 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474801 n.1144G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475760 n.2103C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
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rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
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rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0