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Run: SRR6045749
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Run ID: SRR6045749

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:04:40

Number of reads: 2477992

Percentage reads mapped: 96.25

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776961 p.Ser507Asn missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473961 n.304G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475515 n.1858G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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fbiA 3641447 p.Thr302Met missense_variant 1.0
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whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2155187 c.-261_924del conservative_inframe_deletion 1.0