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Run: SRR6045849
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Run ID: SRR6045849

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:06:33

Number of reads: 991980

Percentage reads mapped: 92.2

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490751 c.-32T>G upstream_gene_variant 0.25
rpoB 761152 p.Leu449Gln missense_variant 0.11
rpoC 764187 p.Glu273Gly missense_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471981 n.136C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472017 n.172C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474928 n.1271C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476028 n.2372_2375delAACC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476034 n.2377_2378insACAT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476048 n.2391G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476049 n.2392C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476076 n.2419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476214 n.2557G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rpsA 1834228 c.687C>T synonymous_variant 0.11
rpsA 1834234 c.693G>C synonymous_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918569 c.630G>A synonymous_variant 0.1
ndh 2102990 p.Val18Ala missense_variant 1.0
katG 2153952 c.2160C>T synonymous_variant 0.17
PPE35 2169840 p.Gly258Asp missense_variant 1.0
PPE35 2170066 p.Ala183Thr missense_variant 0.16
PPE35 2170454 c.159C>G synonymous_variant 0.11
PPE35 2170457 c.156G>C synonymous_variant 0.11
PPE35 2170460 c.153G>A synonymous_variant 0.1
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339143 c.28_35delATCGGCTT frameshift_variant 0.12
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fbiD 3339317 p.Ala67Val missense_variant 0.11
Rv3083 3448608 c.105G>A synonymous_variant 1.0
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embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243706 c.474C>T synonymous_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0