Run ID: SRR6046050
Sample name:
Date: 04-04-2023 12:10:24
Number of reads: 3814350
Percentage reads mapped: 97.9
Strain: lineage4.3.3
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.3 | Euro-American (LAM) | LAM;T | RD115 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 7058 | p.Ile607Val | missense_variant | 0.99 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8040 | p.Gly247Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1303095 | c.165G>A | synonymous_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472113 | n.268T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472258 | n.413A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
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rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
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rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
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rrs | 1472608 | n.763T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
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rrs | 1472647 | n.802C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
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rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
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rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474537 | n.880G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
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rrl | 1475896 | n.2239A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
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rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
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rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
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rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476338 | n.2681C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrl | 1476425 | n.2768G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rpsA | 1834836 | p.Met432Thr | missense_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2156196 | c.-85C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518919 | p.Gly269Ser | missense_variant | 1.0 |
folC | 2746340 | p.Ala420Val | missense_variant | 1.0 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoA | 3878639 | c.-132C>G | upstream_gene_variant | 0.17 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038968 | c.1737G>A | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
aftB | 4268566 | p.Ser91Ala | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |