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Run: SRR6046447
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Run ID: SRR6046447

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:17:00

Number of reads: 2587854

Percentage reads mapped: 96.61

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6540 p.Asp434Gly missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305180 c.2250G>A synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474817 n.1160G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474934 n.1277C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475760 n.2103C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475954 n.2297A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039729 p.Asp326Asn missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0