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Run: SRR6152980
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Run ID: SRR6152980

Sample name:

Date: 19-10-2023 11:42:38

Number of reads: 6446391

Percentage reads mapped: 94.2

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid R katG p.Ser315Thr (1.00)
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin R gid c.351delG (1.00)
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides R rrs n.1402C>A (0.26), rrs n.1484G>T (0.15)
Amikacin R rrs n.1402C>A (0.26), rrs n.1484G>T (0.15)
Capreomycin R rrs n.1402C>A (0.26), rrs n.1484G>T (0.15)
Kanamycin R rrs n.1402C>A (0.26), rrs n.1484G>T (0.15)
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
gid 4407851 c.351delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6815 p.Lys526Gln missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 9059 c.1758G>A synonymous_variant 0.99
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777636 p.Ile282Thr missense_variant 0.99
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472767 n.922G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472954 n.1110delC non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472958 n.1113_1114insC non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472986 n.1141_1142insA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472989 n.1145delA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473226 n.1381C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474488 n.831G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474516 n.859C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474582 n.925T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474799 n.1143delT non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474803 n.1146_1147insA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474806 n.1149A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474853 n.1196A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476374 n.2717T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
alr 3840764 c.657G>C synonymous_variant 0.98
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 0.98