TB-Profiler result

Run: SRR8692771
Summary

Run ID: SRR8692771

Sample name:

Date: 13-08-2023 20:26:45

Number of reads: NA

Percentage reads mapped: NA

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rplC 801268 p.Cys154Arg missense_variant 0.99 linezolid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoB 760256 c.450C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.11
Rv1258c 1406686 p.Val219Ile missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473523 n.-135T>A upstream_gene_variant 0.22
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473814 n.157A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473815 n.158T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473816 n.159C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473828 n.171G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473829 n.172G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473830 n.173T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473831 n.174G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473887 n.230T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473899 n.242A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473916 n.259C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474709 n.1053delT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474714 n.1058delT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475315 n.1658A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475343 n.1686A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475355 n.1698C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475358 n.1701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475363 n.1706C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475369 n.1712G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475380 n.1723C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475381 n.1724G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475382 n.1725A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475395 n.1738T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475396 n.1739C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475397 n.1740G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475402 n.1745C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475419 n.1762C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475429 n.1772G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475452 n.1795C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475460 n.1803A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475479 n.1822C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475480 n.1823A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475505 n.1848G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475766 n.2109G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475991 n.2334T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475995 n.2338G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476088 n.2431A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476095 n.2438C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476103 n.2446C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476105 n.2448G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476106 n.2449A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476529 n.2872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476583 n.2926G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476596 n.2939C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476597 n.2940G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
PPE35 2168527 p.Gly696* stop_gained 0.33
PPE35 2170807 c.-195G>T upstream_gene_variant 0.2
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 0.23
ethA 4327137 p.Glu113Gln missense_variant 0.11