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Run: SRR8692776
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Run ID: SRR8692776

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Date: 13-08-2023 21:49:31

Number of reads: NA

Percentage reads mapped: NA

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rplC 801268 p.Cys154Arg missense_variant 0.97 linezolid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5865 p.Thr209Asn missense_variant 0.25
gyrB 6006 p.Gly256Asp missense_variant 0.12
gyrB 6575 p.Arg446Ser missense_variant 0.13
gyrA 7057 c.-245C>A upstream_gene_variant 0.12
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 0.19
rpoB 759712 c.-95G>A upstream_gene_variant 0.14
rpoB 760271 c.465C>A synonymous_variant 0.13
mmpS5 778718 p.Ser63Tyr missense_variant 0.13
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 0.14
rplC 800647 c.-162C>T upstream_gene_variant 0.12
rplC 800760 c.-49C>A upstream_gene_variant 0.11
fbiC 1305007 p.Ile693Val missense_variant 0.1
Rv1258c 1406686 p.Val219Ile missense_variant 1.0
embR 1417417 c.-70C>A upstream_gene_variant 0.12
atpE 1460901 c.-144G>T upstream_gene_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471866 n.21C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1471911 n.66C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471966 n.121G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471979 n.134T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472019 n.174G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472023 n.178G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472029 n.184C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472030 n.185G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472033 n.188A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472035 n.190G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472040 n.195T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472043 n.198T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472337 n.492C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473102 n.1257C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473814 n.157A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473815 n.158T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473816 n.159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473828 n.171G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473829 n.172G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473830 n.173T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473831 n.174G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473869 n.212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474006 n.349G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474446 n.789C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474709 n.1053delT non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474714 n.1058delT non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474753 n.1096A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475296 n.1639G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475315 n.1658A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475343 n.1686A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475355 n.1698C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475358 n.1701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1475369 n.1712G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475380 n.1723C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475381 n.1724G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475382 n.1725A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475395 n.1738T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475396 n.1739C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475397 n.1740G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475402 n.1745C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475419 n.1762C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475429 n.1772G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475499 n.1842C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475954 n.2297A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475991 n.2334T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475995 n.2338G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476299 n.2642C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476529 n.2872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476583 n.2926G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476597 n.2940G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476674 n.3017T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rpsA 1833745 c.204G>C synonymous_variant 0.17
rpsA 1833760 c.219C>T synonymous_variant 0.11
rpsA 1833787 c.246C>G synonymous_variant 0.11
rpsA 1833790 c.249T>C synonymous_variant 0.1
rpsA 1834633 c.1092A>G synonymous_variant 0.12
rpsA 1834639 c.1098T>C synonymous_variant 0.12
PPE35 2167679 c.2934G>T synonymous_variant 0.12
PPE35 2167738 p.Leu959Val missense_variant 0.12
PPE35 2168434 p.Gly727Trp missense_variant 0.13
PPE35 2169100 p.Gly505Arg missense_variant 0.12
PPE35 2169147 p.Ala489Val missense_variant 0.12
Rv1979c 2222733 c.432T>C synonymous_variant 0.12
whiB7 3568873 c.-194G>A upstream_gene_variant 0.15
fbiA 3640353 c.-190G>A upstream_gene_variant 0.12
clpC1 4038638 p.Asp689Glu missense_variant 0.13
clpC1 4038648 p.Gly686Asp missense_variant 0.13
clpC1 4038674 c.2031C>A synonymous_variant 0.15
clpC1 4038883 p.Gly608Cys missense_variant 0.12
clpC1 4038964 p.Asp581Tyr missense_variant 0.13
clpC1 4038988 p.Asp573Tyr missense_variant 0.12
clpC1 4039187 c.1518G>C synonymous_variant 0.14
clpC1 4039208 c.1497C>G synonymous_variant 0.17
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clpC1 4039262 c.1443C>T synonymous_variant 0.14
whiB6 4338608 c.-87G>T upstream_gene_variant 0.12