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Run: SRR8692810
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Run ID: SRR8692810

Sample name:

Date: 13-08-2023 19:22:29

Number of reads: NA

Percentage reads mapped: NA

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.99
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rplC 801268 p.Cys154Arg missense_variant 0.96 linezolid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 8108 c.807G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 760683 c.877T>C synonymous_variant 0.1
rpoB 763288 p.Ser1161Tyr missense_variant 0.12
rpoC 765991 c.2622C>A synonymous_variant 0.12
rpsL 781892 c.333A>G synonymous_variant 0.1
rpsL 781916 c.357T>G synonymous_variant 0.1
Rv1258c 1406686 p.Val219Ile missense_variant 0.94
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471922 n.78delT non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1471931 n.87delA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1471979 n.134T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472019 n.174G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472023 n.178G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472029 n.184C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472030 n.185G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472033 n.188A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472035 n.190G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472040 n.195T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472043 n.198T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472905 n.1060C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475031 n.1374G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475061 n.1404C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475759 n.2102C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475764 n.2107A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475775 n.2118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476088 n.2431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476095 n.2438C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476103 n.2446C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476105 n.2448G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476106 n.2449A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476299 n.2642C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476669 n.3012C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
katG 2156198 c.-87G>T upstream_gene_variant 0.12
katG 2156264 c.-153C>A upstream_gene_variant 0.14
clpC1 4040668 p.Val13Leu missense_variant 0.11
ethA 4326448 c.1026G>T synonymous_variant 0.17
ethR 4327234 c.-315G>T upstream_gene_variant 0.12