Run ID: SRR8692811
Sample name:
Date: 13-08-2023 22:06:33
Number of reads: NA
Percentage reads mapped: NA
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrl | 1476471 | n.2814G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 | linezolid |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
Rv1258c | 1406686 | p.Val219Ile | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472948 | n.1103C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474673 | n.1016T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474753 | n.1096A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474794 | n.1137C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474812 | n.1155G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474830 | n.1173A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475315 | n.1658A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475358 | n.1701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475380 | n.1723C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475382 | n.1725A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475395 | n.1738T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
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rrl | 1475397 | n.1740G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
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rrl | 1476433 | n.2776C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476529 | n.2872A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476583 | n.2926G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476597 | n.2940G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476608 | n.2951C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |