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Run: SRR8692832
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Run ID: SRR8692832

Sample name:

Date: 13-08-2023 22:13:12

Number of reads: NA

Percentage reads mapped: NA

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rplC 801268 p.Cys154Arg missense_variant 0.96 linezolid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6487 c.-815C>T upstream_gene_variant 0.13
gyrB 6588 p.Pro450Gln missense_variant 0.17
rpoC 763471 c.102C>T synonymous_variant 0.12
Rv1258c 1406686 p.Val219Ile missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472541 n.696T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472549 n.704G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472566 n.721G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473697 n.40C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473699 n.42A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473717 n.60G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473746 n.89T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473814 n.157A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473815 n.158T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473816 n.159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473828 n.171G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473829 n.172G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473830 n.173T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473831 n.174G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473869 n.212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474672 n.1015C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474709 n.1053delT non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474714 n.1058delT non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474753 n.1096A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475061 n.1404C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475419 n.1762C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475429 n.1772G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475452 n.1795C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475460 n.1803A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475479 n.1822C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475480 n.1823A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475505 n.1848G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476299 n.2642C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476738 n.3081C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
PPE35 2168543 c.2070G>T synonymous_variant 0.17
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 0.23
whiB7 3568611 c.69T>C synonymous_variant 0.11
clpC1 4040584 p.Gly41Trp missense_variant 0.12