Run ID: SRR8692844
Sample name:
Date: 13-08-2023 22:28:14
Number of reads: NA
Percentage reads mapped: NA
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rplC | 801268 | p.Cys154Arg | missense_variant | 0.99 | linezolid |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
Rv1258c | 1406686 | p.Val219Ile | missense_variant | 0.97 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrl | 1473717 | n.60G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1473731 | n.74T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1473746 | n.89T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1473758 | n.101G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1473770 | n.113T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1473806 | n.149C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1473814 | n.157A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1473815 | n.158T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1473816 | n.159C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1473828 | n.171G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1473829 | n.172G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1473830 | n.173T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1473831 | n.174G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476088 | n.2431A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476095 | n.2438C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476103 | n.2446C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476105 | n.2448G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476106 | n.2449A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476110 | n.2453G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476115 | n.2458T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476131 | n.2474C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476214 | n.2557G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476215 | n.2558C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476224 | n.2567A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |