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Run: SRR8692867
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Run ID: SRR8692867

Sample name:

Date: 13-08-2023 22:35:54

Number of reads: NA

Percentage reads mapped: NA

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rplC 801268 p.Cys154Arg missense_variant 1.0 linezolid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpsL 781859 c.300T>C synonymous_variant 0.1
Rv1258c 1406686 p.Val219Ile missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471866 n.21C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1471922 n.78delT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1471931 n.87delA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1471979 n.134T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472019 n.174G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472023 n.178G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472029 n.184C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472030 n.185G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472033 n.188A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472035 n.190G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472040 n.195T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472043 n.198T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472324 n.479G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472337 n.492C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472783 n.938G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473814 n.157A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473815 n.158T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473816 n.159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473828 n.171G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473829 n.172G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473830 n.173T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473831 n.174G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474380 n.723G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475315 n.1658A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475343 n.1686A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475355 n.1698C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475358 n.1701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475363 n.1706C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475369 n.1712G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475380 n.1723C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475381 n.1724G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475382 n.1725A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475395 n.1738T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475396 n.1739C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475397 n.1740G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475402 n.1745C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475419 n.1762C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475429 n.1772G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475759 n.2102C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475764 n.2107A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475775 n.2118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475991 n.2334T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475995 n.2338G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476088 n.2431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476095 n.2438C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476103 n.2446C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476105 n.2448G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476106 n.2449A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476361 n.2704C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476529 n.2872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476583 n.2926G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476597 n.2940G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
kasA 2517941 c.-174C>G upstream_gene_variant 0.11
ahpC 2726101 c.-92G>T upstream_gene_variant 0.11
alr 3841589 c.-170delG upstream_gene_variant 0.12
alr 3841612 c.-193_-192insC upstream_gene_variant 0.12