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Run: SRR8692868
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Run ID: SRR8692868

Sample name:

Date: 13-08-2023 19:38:25

Number of reads: NA

Percentage reads mapped: NA

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763053 c.-317_-315delTTGinsCTC upstream_gene_variant 0.1
Rv1258c 1406686 p.Val219Ile missense_variant 0.96
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471977 n.132C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472289 n.444T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472324 n.479G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472337 n.492C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472847 n.1002G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472858 n.1013G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472859 n.1014G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473970 n.313G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474791 n.1134C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474862 n.1205C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475187 n.1530C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475263 n.1606G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475303 n.1646G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475419 n.1762C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475429 n.1772G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475452 n.1795C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475460 n.1803A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475479 n.1822C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475480 n.1823A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475505 n.1848G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475927 n.2270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475991 n.2334T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475995 n.2338G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476097 n.2440C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476299 n.2642C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476529 n.2872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476583 n.2926G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476597 n.2940G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476674 n.3017T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476679 n.3022T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476689 n.3032A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476690 n.3033C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476693 n.3036G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476695 n.3038T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476711 n.3054G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476716 n.3059A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476719 n.3062C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476723 n.3066T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476726 n.3069A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476731 n.3074G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476732 n.3075T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476741 n.3084G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476743 n.3086A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476744 n.3087G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476746 n.3089T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476747 n.3090C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476754 n.3097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476758 n.3101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476770 n.3113T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476771 n.3114G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
PPE35 2169931 p.Gly228Ser missense_variant 0.15