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Run: SRR8692881
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Run ID: SRR8692881

Sample name:

Date: 13-08-2023 19:44:29

Number of reads: NA

Percentage reads mapped: NA

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rplC 801268 p.Cys154Arg missense_variant 0.99 linezolid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
Rv1258c 1406686 p.Val219Ile missense_variant 0.99
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472290 n.445C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472324 n.479G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472337 n.492C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473746 n.89T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473814 n.157A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473815 n.158T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473816 n.159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473828 n.171G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473829 n.172G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473830 n.173T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473831 n.174G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475315 n.1658A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475343 n.1686A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475355 n.1698C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475358 n.1701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475363 n.1706C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475369 n.1712G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475380 n.1723C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475381 n.1724G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475382 n.1725A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475395 n.1738T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475396 n.1739C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475397 n.1740G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475402 n.1745C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475419 n.1762C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475429 n.1772G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475759 n.2102C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475764 n.2107A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475775 n.2118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476088 n.2431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476095 n.2438C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476103 n.2446C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476105 n.2448G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476106 n.2449A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476299 n.2642C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476529 n.2872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476583 n.2926G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476597 n.2940G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476674 n.3017T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476679 n.3022T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
PPE35 2170748 c.-136C>A upstream_gene_variant 0.12