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Run: SRR8692888
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Run ID: SRR8692888

Sample name:

Date: 13-08-2023 22:48:52

Number of reads: NA

Percentage reads mapped: NA

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rplC 801268 p.Cys154Arg missense_variant 0.99 linezolid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6265 c.1026C>T synonymous_variant 0.14
rpoB 760181 c.375T>G synonymous_variant 0.11
rpoB 760184 c.378A>G synonymous_variant 0.12
rpoB 760235 c.429T>C synonymous_variant 0.1
rpoB 760244 c.438G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 760256 c.450C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763049 c.-321G>A upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763053 c.-317_-315delTTGinsCTC upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763076 c.-294C>G upstream_gene_variant 0.16
rpoC 763079 c.-291C>G upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763082 c.-288C>T upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763085 c.-285C>G upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.2
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.2
rpoC 763136 c.-234C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763148 c.-222G>C upstream_gene_variant 0.12
Rv1258c 1406686 p.Val219Ile missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472199 n.354C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472847 n.1002G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472858 n.1013G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472859 n.1014G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473189 n.1344C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474753 n.1096A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475337 n.1680C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475400 n.1743C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475408 n.1751C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475452 n.1795C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475460 n.1803A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475479 n.1822C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475480 n.1823A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475505 n.1848G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475602 n.1945G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476529 n.2872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
PPE35 2169679 p.Leu312Ile missense_variant 0.13
PPE35 2169743 c.870G>T synonymous_variant 0.12
Rv1979c 2223023 p.Pro48Thr missense_variant 0.12