Run ID: ERR1035296
Sample name:
Date: 31-03-2023 10:09:22
Number of reads: 10411934
Percentage reads mapped: 99.7
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: HR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
katG | 2155795 | c.316dupG | frameshift_variant | 1.0 | isoniazid |
pncA | 2288730 | p.Ala171Val | missense_variant | 0.53 | pyrazinamide |
pncA | 2288995 | c.246delT | frameshift_variant | 0.38 | pyrazinamide |
ahpC | 2726112 | c.-81C>T | upstream_gene_variant | 0.99 | isoniazid |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
fbiC | 1303257 | c.327C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrl | 1473752 | n.95G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1473806 | n.149C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1473815 | n.158T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1473836 | n.179A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1473876 | n.219G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1473877 | n.220G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1473898 | n.241C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1473923 | n.266C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1473924 | n.267_268insT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1473943 | n.286G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1473944 | n.287G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1473995 | n.338G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1474001 | n.344C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1474028 | n.371T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474029 | n.372G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1474034 | n.377G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1474040 | n.383G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474083 | n.426C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474111 | n.454T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474140 | n.483C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1474151 | n.494C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1474181 | n.524C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1474266 | n.609T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474308 | n.651G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1474310 | n.653T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474362 | n.705A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474374 | n.717T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474632 | n.975G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1474639 | n.982G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1474716 | n.1059A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474794 | n.1137C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
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rrl | 1474831 | n.1174A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1475202 | n.1545G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
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rrl | 1475315 | n.1658A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475333 | n.1676T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
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rrl | 1475402 | n.1745C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1475429 | n.1772G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475446 | n.1789G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476224 | n.2567A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
thyA | 3073806 | c.666C>G | synonymous_variant | 0.35 |
clpC1 | 4038857 | c.1848C>A | synonymous_variant | 0.16 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |