TB-Profiler result

Run: ERR10796557
Summary

Run ID: ERR10796557

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:11:27

Number of reads: 545394

Percentage reads mapped: 100.0

Strain: lineage4

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.96
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
embC 4240781 p.Ala307Thr missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6136 p.Glu299Asp missense_variant 0.33
gyrB 6629 p.Gly464Ser missense_variant 0.75
fgd1 491668 p.Lys296Glu missense_variant 1.0
rpoB 761723 p.Glu639Asp missense_variant 1.0
rpoC 765158 p.Gly597Arg missense_variant 0.67
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406685 p.Val219Ala missense_variant 1.0
Rv1258c 1407508 c.-168G>A upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471670 n.-176G>A upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472125 n.280G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472453 n.608G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472687 n.842A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473194 n.1349A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474674 n.1018delC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
clpC1 4040647 p.Ala20Thr missense_variant 0.67
embC 4240769 p.Val303Leu missense_variant 1.0
embC 4241843 p.Leu661Ile missense_variant 1.0
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
aftB 4267388 p.Gln483His missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338602 c.-81A>C upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4408161 c.42G>A synonymous_variant 0.5