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Run: ERR2027252
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Run ID: ERR2027252

Sample name:

Date: 31-03-2023 15:41:05

Number of reads: 2602451

Percentage reads mapped: 83.97

Strain: lineage4.8;lineage4.2.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 0.29
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 0.73
lineage4.2.1 Euro-American (TUR) H3;H4 None 0.28
lineage4.2.1.1 Euro-American (TUR) H3;H4 None 0.29
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6157 c.918C>T synonymous_variant 0.66
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.18
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 0.26
rpoB 761967 p.Glu721Lys missense_variant 0.69
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777451 p.Val344Leu missense_variant 0.24
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472859 n.1014G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472864 n.1019C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472869 n.1024G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472870 n.1025T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474068 n.411T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475762 n.2105G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475999 n.2342G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476058 n.2401T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476059 n.2402G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169071 c.1464_1541delGGCGGTGACGACGCCGGCCAACGTTACCGTGGGTGCGTTTGATTTGCCGGGGTTGACGGTGCCGTCGTTGACGATTCC disruptive_inframe_deletion 0.75
PPE35 2169879 p.Phe245Cys missense_variant 0.27
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289972 c.-731T>G upstream_gene_variant 0.66
kasA 2518169 p.Val19Ile missense_variant 0.73
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 0.41
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 0.41
ald 3087095 c.276C>T synonymous_variant 0.63
Rv3083 3449138 p.Arg212Gln missense_variant 0.11
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.26
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408213 c.-11C>T upstream_gene_variant 0.33