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Run: ERR2027277
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Run ID: ERR2027277

Sample name:

Date: 31-03-2023 15:42:05

Number of reads: 3412231

Percentage reads mapped: 95.46

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1473962 n.305T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476321 n.2664A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476357 n.2700T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476359 n.2702C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448500 c.-4A>G upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039729 p.Asp326Asn missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0