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Run: ERR2446154

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Run ID: ERR2446154

Sample name:

Date: 19-10-2023 19:02:53

Number of reads: NA

Percentage reads mapped: NA

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 762855 p.Val1017Ile missense_variant 0.19
rpoB 762858 p.Thr1018Ser missense_variant 0.19
rpoC 762863 c.-507T>G upstream_gene_variant 0.18
rpoB 762871 p.Met1022Thr missense_variant 0.15
rpoB 762878 p.Ile1024Met missense_variant 0.15
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.15
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762968 c.-402G>A upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.19
rpoB 763005 p.Cys1067Gly missense_variant 0.17
rpoC 763022 c.-348C>T upstream_gene_variant 0.19
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.21
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.21
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.2
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.22
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.21
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.19
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.2
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.2
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.19
rpoC 764593 c.1224C>T synonymous_variant 0.23
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.23
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.24
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.28
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.35
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.35
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.34
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.34
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.32
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.31
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.32
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.32
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.29
rpoC 764713 c.1344G>T synonymous_variant 0.23
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764737 c.1368G>C synonymous_variant 0.19
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
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