Run ID: ERR2510737
Sample name:
Date: 31-03-2023 18:54:51
Number of reads: 1622520
Percentage reads mapped: 97.22
Strain: lineage4.4.1.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.4 | Euro-American | S;T | None | 0.99 |
lineage4.4.1 | Euro-American (S-type) | S;T | None | 1.0 |
lineage4.4.1.1 | Euro-American | S;Orphans | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gyrA | 7581 | p.Asp94Tyr | missense_variant | 0.82 | ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 5855 | p.Ile206Val | missense_variant | 0.11 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 0.97 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1472954 | n.1109T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472973 | n.1128A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472992 | n.1147A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473080 | n.1235C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473081 | n.1236C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473123 | n.1278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473130 | n.1285G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473172 | n.1327T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473276 | n.1431A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473277 | n.1432G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1473643 | n.-15T>A | upstream_gene_variant | 0.22 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476429 | n.2772A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476655 | n.2998C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
ndh | 2102990 | p.Val18Ala | missense_variant | 1.0 |
katG | 2154642 | c.1470C>T | synonymous_variant | 0.11 |
PPE35 | 2168863 | c.1750C>T | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169840 | p.Gly258Asp | missense_variant | 0.82 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv2752c | 3065999 | p.Arg65Ser | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 0.98 |
Rv3083 | 3448608 | c.105G>A | synonymous_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612665 | p.Val151Ala | missense_variant | 0.94 |
rpoA | 3877872 | c.635delG | frameshift_variant | 0.11 |
clpC1 | 4040241 | p.Thr155Phe | missense_variant | 0.14 |
clpC1 | 4040249 | p.Glu152Gly | missense_variant | 0.11 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
aftB | 4267660 | p.Pro393Ser | missense_variant | 0.11 |
whiB6 | 4338226 | p.Ala99Val | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |