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Run: ERR2513082

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Run ID: ERR2513082

Sample name:

Date: 20-10-2023 10:19:02

Number of reads: 2550471

Percentage reads mapped: 92.75

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin R rrs n.888G>A (0.29)
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473274 n.1429C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474282 n.625G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474288 n.631C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474294 n.637_650delCCTCTCCGGAGGAGinsT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474711 n.1054_1056delGGTinsCCGG non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474753 n.1096_1097delACinsT non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476295 n.2638C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
thyA 3074361 c.111T>C synonymous_variant 0.98
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0