Run ID: ERR2513082
Sample name:
Date: 20-10-2023 10:19:02
Number of reads: 2550471
Percentage reads mapped: 92.75
Strain: lineage4.1.2.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|---|---|
Rifampicin | ||
Isoniazid | ||
Ethambutol | ||
Pyrazinamide | ||
Streptomycin | R | rrs n.888G>A (0.29) |
Fluoroquinolones | ||
Moxifloxacin | ||
Ofloxacin | ||
Levofloxacin | ||
Ciprofloxacin | ||
Aminoglycosides | ||
Amikacin | ||
Capreomycin | ||
Kanamycin | ||
Cycloserine | ||
Ethionamide | ||
Clofazimine | ||
Para-aminosalicylic_acid | ||
Delamanid | ||
Bedaquiline | ||
Linezolid |
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.2 | Euro-American | T;H | None | 1.0 |
lineage4.1.2.1 | Euro-American (Haarlem) | T1;H1 | RD182 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491591 | p.Lys270Met | missense_variant | 1.0 |
mshA | 575679 | p.Asn111Ser | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 760115 | c.309C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472122 | n.277G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472123 | n.278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472124 | n.279C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472150 | n.305T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1472151 | n.306C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472714 | n.869A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472955 | n.1110C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472958 | n.1113A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472974 | n.1129A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472988 | n.1143T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrs | 1473123 | n.1278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrs | 1473129 | n.1284C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 |
rrs | 1473148 | n.1303G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrs | 1473163 | n.1318C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrs | 1473172 | n.1327T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrs | 1473262 | n.1417T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1473270 | n.1425G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473274 | n.1429C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474249 | n.592G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1474264 | n.607T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1474266 | n.609T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1474269 | n.612C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrl | 1474275 | n.618T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1474282 | n.625G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrl | 1474288 | n.631C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1474294 | n.637_650delCCTCTCCGGAGGAGinsT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1474310 | n.653T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrl | 1474326 | n.669T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrl | 1474348 | n.691C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1474351 | n.694G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrl | 1474353 | n.696A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1474355 | n.698A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1474362 | n.705A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrl | 1474636 | n.979A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrl | 1474638 | n.981C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrl | 1474643 | n.986A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrl | 1474663 | n.1006C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1474672 | n.1015C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrl | 1474676 | n.1019T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1474677 | n.1020A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1474692 | n.1035G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1474706 | n.1049G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1474711 | n.1054_1056delGGTinsCCGG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474717 | n.1060A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474734 | n.1077G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrl | 1474753 | n.1096_1097delACinsT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1474794 | n.1137C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474824 | n.1167A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrl | 1474830 | n.1173A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrl | 1474831 | n.1174A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrl | 1474832 | n.1175A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrl | 1474903 | n.1246T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrl | 1474913 | n.1256T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1475883 | n.2226A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1475898 | n.2241A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1475899 | n.2242G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrl | 1475916 | n.2259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476194 | n.2537A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476200 | n.2543A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476204 | n.2547C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476207 | n.2550T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476214 | n.2557G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrl | 1476215 | n.2558C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrl | 1476224 | n.2567A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476252 | n.2595T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1476256 | n.2599A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1476267 | n.2610G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1476276 | n.2619C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1476279 | n.2622G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476281 | n.2624T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrl | 1476295 | n.2638C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrl | 1476301 | n.2644A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476306 | n.2649A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrl | 1476307 | n.2650A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrl | 1476311 | n.2654G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1476357 | n.2700T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476513 | n.2856G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476515 | n.2858C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476524 | n.2867C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476538 | n.2881A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476539 | n.2882A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476540 | n.2883C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518076 | c.-39C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
thyA | 3074361 | c.111T>C | synonymous_variant | 0.98 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242803 | p.Val981Leu | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |