Run ID: ERR2513170
Sample name:
Date: 31-03-2023 19:30:13
Number of reads: 1832082
Percentage reads mapped: 99.27
Strain: lineage4.3.4.2
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 1.0 |
lineage4.3.4.2 | Euro-American (LAM) | LAM1;LAM4;LAM11 | RD174 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 6059 | p.Ser274Gly | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 6817 | c.-485G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 0.98 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472954 | n.1109T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472992 | n.1147A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1473081 | n.1236C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473123 | n.1278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473172 | n.1327T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1473714 | n.57C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
ndh | 2103225 | c.-183A>C | upstream_gene_variant | 0.2 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612009 | p.Ala370Thr | missense_variant | 0.98 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embC | 4239763 | c.-100C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |