Run ID: ERR2513273
Sample name:
Date: 31-03-2023 19:34:09
Number of reads: 948348
Percentage reads mapped: 94.81
Strain: lineage4.1.2.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.2 | Euro-American | T;H | None | 1.0 |
lineage4.1.2.1 | Euro-American (Haarlem) | T1;H1 | RD182 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491591 | p.Lys270Met | missense_variant | 1.0 |
mshA | 575679 | p.Asn111Ser | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576751 | p.Lys468Asn | missense_variant | 0.26 |
rpoB | 760115 | c.309C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472278 | n.433C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472279 | n.434T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472285 | n.440A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472289 | n.444T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472290 | n.445C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472296 | n.454_458delTCCGG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472303 | n.458G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472324 | n.479G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472325 | n.480G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472344 | n.499C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472382 | n.537G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472431 | n.586G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472435 | n.590T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472438 | n.593T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472439 | n.594C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472447 | n.602C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472448 | n.603T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472452 | n.607G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472464 | n.619A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472471 | n.626G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472484 | n.639A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472489 | n.644A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472498 | n.653C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472504 | n.659A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472505 | n.660G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472557 | n.712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472558 | n.713G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472560 | n.715G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472569 | n.724G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472570 | n.725G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472573 | n.728C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472574 | n.729T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472584 | n.739A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472612 | n.767G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472660 | n.815T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472680 | n.835C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472687 | n.842A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472690 | n.845C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472714 | n.869A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472875 | n.1030T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472880 | n.1035G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472954 | n.1110delC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472958 | n.1113_1114insC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472989 | n.1145delA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472996 | n.1151T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473026 | n.1181T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473081 | n.1236C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473089 | n.1244A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473091 | n.1246G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473094 | n.1249T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473099 | n.1254T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473100 | n.1255G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1473109 | n.1264T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1473120 | n.1275C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473123 | n.1278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473129 | n.1284C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1473135 | n.1290C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473201 | n.1356A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473202 | n.1357C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473276 | n.1431A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1473301 | n.1456T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1475897 | n.2240T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1475900 | n.2243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1475902 | n.2245T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1475906 | n.2249C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1475975 | n.2318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475977 | n.2320A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475988 | n.2331A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475993 | n.2336C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1475997 | n.2340A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476033 | n.2376T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476034 | n.2377C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476035 | n.2378G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476040 | n.2383C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476044 | n.2387T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476046 | n.2389G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476049 | n.2392C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476165 | n.2508T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476194 | n.2537A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476200 | n.2543A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476201 | n.2544C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476214 | n.2557G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476215 | n.2558C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476224 | n.2567A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476234 | n.2577G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476245 | n.2588C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476250 | n.2593C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476252 | n.2595T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476255 | n.2598A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476256 | n.2599A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476257 | n.2600G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476281 | n.2624T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476297 | n.2640C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476298 | n.2641C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476300 | n.2643G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476301 | n.2644A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476307 | n.2650A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476309 | n.2652G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518076 | c.-39C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518148 | p.Pro12Ser | missense_variant | 0.1 |
ahpC | 2726338 | p.Val49Gly | missense_variant | 0.23 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086987 | p.Gln56His | missense_variant | 0.12 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242803 | p.Val981Leu | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |