TB-Profiler result

Run: ERR2513273

Summary

Run ID: ERR2513273

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:34:09

Number of reads: 948348

Percentage reads mapped: 94.81

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other


Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472307 n.462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.26
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472296 n.454_458delTCCGG non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472303 n.458G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472560 n.715G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472954 n.1110delC non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472958 n.1113_1114insC non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472989 n.1145delA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473201 n.1356A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476034 n.2377C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476234 n.2577G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476255 n.2598A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518148 p.Pro12Ser missense_variant 0.1
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.23
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086987 p.Gln56His missense_variant 0.12
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0