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Run: ERR2513398
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Run ID: ERR2513398

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:39:20

Number of reads: 1500255

Percentage reads mapped: 96.03

Strain: lineage4.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.1 Euro-American (TUR) H3;H4 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.25
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.24
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473107 n.1262G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473116 n.1271A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473264 n.1419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473294 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474249 n.592G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474253 n.596A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474254 n.597C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155371 c.741C>T synonymous_variant 1.0
PPE35 2169879 p.Phe245Cys missense_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.2
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.18
PPE35 2170372 p.Thr81Ala missense_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518677 c.569_574delCCGACG disruptive_inframe_deletion 0.12
kasA 2518692 p.Ala193Gly missense_variant 0.11
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
alr 3841473 c.-53G>A upstream_gene_variant 0.24
rpoA 3878680 c.-173C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4239776 c.-87G>A upstream_gene_variant 0.31
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249594 c.3081G>A synonymous_variant 1.0
ethA 4328376 c.-903G>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0