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Run: ERR2513710
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Run ID: ERR2513710

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:51:41

Number of reads: 4528296

Percentage reads mapped: 98.67

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 0.99
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 1.0 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
embA 4243221 c.-12C>T upstream_gene_variant 1.0 ethambutol
embB 4248025 p.Glu504Asp missense_variant 0.98 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
fgd1 491669 p.Lys296Arg missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472135 n.290C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474444 n.787G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474447 n.790G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474468 n.811G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474479 n.822A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474482 n.825G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474501 n.844A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474639 n.982G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476357 n.2700T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476359 n.2702C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0