TB-Profiler result

Run: ERR2513903
Summary

Run ID: ERR2513903

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:59:01

Number of reads: 1648243

Percentage reads mapped: 94.42

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7147 c.-155G>T upstream_gene_variant 0.12
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 761152 p.Leu449Gln missense_variant 0.11
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.11
rpoC 766402 c.3033C>G synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474579 n.922A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474615 n.958A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474632 n.975G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474666 n.1009T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476308 n.2651G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102990 p.Val18Ala missense_variant 1.0
PPE35 2168853 p.Pro587Leu missense_variant 1.0
PPE35 2169840 p.Gly258Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448608 c.105G>A synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612665 p.Val151Ala missense_variant 1.0
clpC1 4040522 c.183T>C synonymous_variant 1.0
embC 4241671 c.1809T>C synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0