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Run: ERR2513912
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Run ID: ERR2513912

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:59:23

Number of reads: 1619125

Percentage reads mapped: 97.09

Strain: lineage4.5

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.5 Euro-American H;T RD122 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7892 c.591G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620029 c.139C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406101 p.Pro414Ser missense_variant 1.0
Rv1258c 1407050 c.291C>A synonymous_variant 0.12
embR 1416545 p.Thr268Ile missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472575 n.730C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.12
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170035 p.Val193Ala missense_variant 1.0
PPE35 2170159 p.Ala152Ser missense_variant 0.1
PPE35 2170568 p.Ile15Met missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518151 p.Ser13Arg missense_variant 0.19
Rv3083 3449393 p.Leu297Ser missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474376 p.Ala124Thr missense_variant 1.0
fbiA 3641074 p.Ala178Thr missense_variant 1.0
rpoA 3878575 c.-68C>T upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038318 p.Pro796Leu missense_variant 0.98
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0