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Run: ERR3275996

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Run ID: ERR3275996

Sample name:

Date: 21-10-2023 05:29:32

Number of reads: NA

Percentage reads mapped: NA

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: HR-TB


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
katG 2155693 p.Ser140Asn missense_variant 0.15 isoniazid
gid 4408087 c.115delC frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763570 c.201G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763603 c.234C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763618 c.249C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764632 c.1263T>A synonymous_variant 0.12
rpoC 764646 p.Gly426Ala missense_variant 0.13
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764705 p.Leu446Ala missense_variant 0.14
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764716 c.1347G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 0.99
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472673 n.828T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472685 n.840G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472686 n.841G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472687 n.842A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472690 n.845C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472793 n.948A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472970 n.1125delCinsGGCCCTT non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473062 n.1217T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473201 n.1356A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
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rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrl 1476529 n.2872A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155691 c.421T>C synonymous_variant 0.15
katG 2155696 p.Ala139Val missense_variant 0.15
katG 2155716 c.396T>G synonymous_variant 0.15
katG 2155722 c.390G>C synonymous_variant 0.15
katG 2155728 c.384G>C synonymous_variant 0.15
katG 2155736 p.Met126Leu missense_variant 0.14
katG 2155742 p.Gly124Arg missense_variant 0.15
katG 2155743 c.369G>T synonymous_variant 0.15
Rv1979c 2222854 p.Ile104Thr missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.98
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4039991 c.714G>A synonymous_variant 0.96
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0