TB-Profiler result

Run: ERR3275996

Summary

Run ID: ERR3275996

Sample name:

Date: 27-03-2023 13:41:35

Number of reads: NA

Percentage reads mapped: NA

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: HR-TB


Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
katG 2155693 p.Ser140Asn missense_variant 0.15 isoniazid
gid 4408087 c.115delC frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763570 c.201G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763603 c.234C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763618 c.249C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764632 c.1263T>A synonymous_variant 0.12
rpoC 764646 p.Gly426Ala missense_variant 0.13
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764705 p.Leu446Ala missense_variant 0.14
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764716 c.1347G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 0.99
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472673 n.828T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472685 n.840G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472686 n.841G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472687 n.842A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472690 n.845C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472793 n.948A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473062 n.1217T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473201 n.1356A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474153 n.496C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474166 n.509G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474179 n.522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474651 n.995delT non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474660 n.1003G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474662 n.1005C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474688 n.1031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474690 n.1033C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474777 n.1120T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475740 n.2083G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475761 n.2105delG non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475788 n.2131C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475883 n.2226A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475982 n.2325G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476015 n.2358G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476255 n.2598A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476529 n.2872A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155674 c.438G>C synonymous_variant 0.14
katG 2155691 c.421T>C synonymous_variant 0.15
katG 2155696 p.Ala139Val missense_variant 0.15
katG 2155716 c.396T>G synonymous_variant 0.15
katG 2155722 c.390G>C synonymous_variant 0.15
katG 2155728 c.384G>C synonymous_variant 0.15
katG 2155736 p.Met126Leu missense_variant 0.14
katG 2155742 p.Gly124Arg missense_variant 0.15
katG 2155743 c.369G>T synonymous_variant 0.15
Rv1979c 2222854 p.Ile104Thr missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.98
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4039991 c.714G>A synonymous_variant 0.96
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0