Run ID: ERR4815034
Sample name:
Date: 20-10-2023 07:43:31
Number of reads: 1950917
Percentage reads mapped: 98.41
Strain: lineage4.1.2.1
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|---|---|
Rifampicin | ||
Isoniazid | ||
Ethambutol | ||
Pyrazinamide | ||
Streptomycin | ||
Fluoroquinolones | ||
Moxifloxacin | ||
Ofloxacin | ||
Levofloxacin | ||
Ciprofloxacin | ||
Aminoglycosides | ||
Amikacin | ||
Capreomycin | ||
Kanamycin | ||
Cycloserine | ||
Ethionamide | ||
Clofazimine | ||
Para-aminosalicylic_acid | ||
Delamanid | ||
Bedaquiline | ||
Linezolid |
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.2 | Euro-American | T;H | None | 0.98 |
lineage4.1.2.1 | Euro-American (Haarlem) | T1;H1 | RD182 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 5075 | c.-165_-164insG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491591 | p.Lys270Met | missense_variant | 1.0 |
mshA | 575679 | p.Asn111Ser | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 760115 | c.309C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1473080 | n.1235C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1473081 | n.1236C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473123 | n.1278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473130 | n.1285G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1473276 | n.1431A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1473277 | n.1432G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1473300 | n.1455C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1473301 | n.1456T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518076 | c.-39C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB7 | 3568419 | c.261C>G | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242803 | p.Val981Leu | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |