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Run: ERR4815618
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Run ID: ERR4815618

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:57:57

Number of reads: 3104192

Percentage reads mapped: 99.31

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472844 n.999C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473451 n.-207G>C upstream_gene_variant 0.12
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474984 n.1327G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103084 c.-43_-42insCGTAGTAGCTAAC upstream_gene_variant 0.94
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448322 c.-182G>A upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878537 c.-30T>A upstream_gene_variant 0.13
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338599 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0